Estudio in silico de la afinidad de 2-Ciano-3,4- dihidro-1H-pirimidinas sobre canales de potasio dependiente de voltaje-Kᵥ+

Abstract

Mediante herramientas de modelado molecular se valoró la afinidad de nuevos compuestos azaheterociclicos altamente nitrogenados, con núcleo de 2-ciano-3,4-dihidro-1H-pirimidina, sobre canales de potasio (K+). El número y naturaleza de las interacciones ligando-receptor se determinaron in silico mediante ensayos de docking dirigido y ciego sobre un canal de potasio KcsA (código PDB:1j95). Los resultados preliminares condujeron a identificar una región lipofílica común para los ligandos 1-5 y el ligando de referencia (4-aminopiridina). De manera importante, el valor de la energía libre de Gibbs (ΔG) estimado para los primeros ligandos demuestra que estos poseen una mejor afinidad hacia este sitio activo. Los resultados derivados de este estudio abren nuevas alternativas para la investigación de nuevos agentes farmacológicos con potencial aplicación en el campo de la química medicinal.

Using molecular modeling tools, affinity of novel, highly nitrogenous 2-cyano-3,4-dihydro-1H-pyrimidine core-based azaheterocyclic compounds on potassium channels (K+) was explored. Quantity and nature of ligand-receptor interactions were determined in silico by directed and blind docking studies using KcsA potassium channel obtained from Protein Data Bank (code: 1j95). Preliminary results led to identify a lipophilic pocket which exhibit highly affinity toward compounds 1-5 and reference ligand (4-aminopyridine). Importantly, Gibbs free energy value (ΔG) computed for the former ligands shows that they possess the best affinity for such active site. This preliminary results support further studies for development of novel pharmacological agents with potential application in Medicinal chemistry field.